カートゥーンコースは基礎と独創性を学ぶコースなので、絵を基礎から学びたい、またはピカソのような独特な絵を描いてみたい、という人におすすめです。 

キャラクターデザインコースは、おそらくイラストレーターに近い事を学べます。キャラクターの造形だけを学ぶのではなく、現代的なイラストを描くにあたって必要な技能を広く取り扱っており、現役イラストレーターの方の授業もたくさん開講されています。

将来どんなイラストを描きたいかによるのでは？ 展示会やオープンキャンパス（今は難しいかもですが）などに積極的に参加して、自分の描きたい絵を描いている学生が多いところに入るべきだと思います。私の場合、絵の仕事をするつもりではいたけど、具体的にどの職業につくかをはっきりと決められなかったので、将来どんな絵の職業に就いても活かすことができる基礎を重点的に学ぶためにカートゥーンを選びました。

私もイラストレーターになりたいと思っています。カジュアルな単純化された絵柄や実写風の絵柄、どちらを選んでも必要なのが、人間の体や、動物、物などの「基礎的な形」を知る力です。その点についてカートゥーンコースでは、クロッキーやデッサンなどの授業を通して基礎を磨き、そのうえでイラストレーターとして必要とされる個性を加える授業をしています！

イラストコースは、「伝える」ことを目標にして学んでおり、芸術系に近いかなと感じています。イラストコースには、マンガ、アニメチックな描き方をする人もいれば、グラフィック的な描き方をする人などがいます。 ここからは自分の偏見になりますが、SNSでよく見るゲーム系などから依頼が来て欲しいならば、カートゥーンコースやキャラクターデザインコース、雑誌やポスターなどから依頼が来て欲しいならば、イラストコースの方が良いのではと思います。